분산분석은 독립변수가 다른 집단간에 종속변수값의 차이가 있는지를 조사하는 방법임에 반해
공분산분석은 독립변수가 종속변수에 미치는 영향을 알아보기 위해
직접통제하기 어려운 외생변수(잠재변수)를 제거한 후 실시하는 분석이다.

여러 개의 독립변수 사이의 관계를 검정하기 위해 다중회귀분석, 공분산분석, 판별분석의 통계기법이 사용된다.

그 중 공분산분석은 분산분석에 회귀분석방법을 첨가시킨 것으로
분산분석에서 연속 측정된 관련요인의 영향을 고려하여 이들 변수를 공변수로 분석에 포함하며
처치수준이 다른 집단간에 종속변수간의 차이가 있는 지를 조사하는 방법이다

정리하면, 공분산분석(ANCOVA)는 다음과 같은 경우에 사용하는 방법이다.

예를 들어, 콜레스테롤 강하제 A, B, C, D가 있다고 하자.
연구자는 어떤 콜레스테롤 강하제가 더욱 효과적인지를 알아보고자 임상실험을 하였다고 하자.
여기서 연구자가 알고자 하는 것은 콜레스테롤의 순수 강하 효과일 것이다.
그러나 콜레스테롤은 연구대상자의 나이 혹은 약을 복용하기 전의 콜레스테롤과 많은 관련이 있다.

그래서 만약 연구자는 연구대상자의 콜레스테롤 강하제 복용전의 사전정보를 버리고 
단순히 One-way ANOVA를 하였다면 복용제에 따른 콜레스테롤의 순수 강하효과의 차이를 오판할 수도 있다. 
왜냐하면 실험설계상 연구대상자의 나이 분포라든지 평소 콜레스테롤 정도가 모두 같을 수가 없기 때문이다.